原来，当时吴之荣上北京控告朱、庄两家，本来只是因为勒索不成，反而受辱，内心激愤所致，与其余参与修订、作序之人无涉，更何况他和同样参与作序的李令皙的关系还不错，哪里会让自己的朋友受到牵连？于是，吴在向刑部检举时，已经将书中记载序文和参与修订者名字的几页撕毁。这样，这些参与者还有蒙混过去的可能。但是，赵君宋那部原刊本的《明史辑略》一出，证据俱在，就无可挽回了。
覆巢之下竟得脱
康熙二年（166）正月二十日清晨，湖州城关闭城门，文武官员率领八旗兵丁数百人，按照书中姓名，到各家去捉拿那些参与者。凡是涉及到的人，其家中的大小人口，包括奴婢在内，都被抓获。仅在李令皙家就抓了一百多人，因为正值正月新年，有人到李家拜年，这些毫无关系的人也没能幸免。
在审讯朱佑明的时候，朱佑明极力辩白那个所谓的"朱史氏"并不是自己，并説"朱史氏"下面的"即朱佑明"字样，乃是吴之荣假刻上去的。负责审理此案的官员叫吴之荣来对质，吴之荣倒也冷静，他説："书上张张都印有"清美堂"字样，而今这匾额就挂在朱佑明家里！"朱佑明无言以对，因为书中的"清美堂"字样，确实是他自己想光耀门庭而要求刻上的，没想到竟成了祸患。
接下来就是审理和处罚。根据有关的记载，康熙二年（166）五月，刑部将此案上报皇帝，询问处理意见。当时辅佐康熙皇帝的四位大臣以此书诽谤本朝，以小皇帝的名义命令将庄、朱两家和参与编定的人以及那些人的父亲、兄弟子侄凡年纪在15岁以上的七十多个人全部处死。其中，仅凌迟处死的就有18个。而这些人的妻子、姬妾和他们不满15岁的孩子一共几百人全部给功臣家为奴。庄廷鑨早在案发前已经去世，对他的处罚方式是开棺碎尸，墓前的牌坊被捣毁。为了彻底打击那些对清朝统治尚存不满、还留恋着明朝的江南士人，当时采取的措施是凡是这本《明史辑略》中提到的人和他们的亲戚朋友，全部锒铛入狱，同时连那些仅仅是为此书刻板、校对、印刷的人也不放过，甚至连买书、看书、收藏的人也被抓获。
就在这么多相关人员都受到牵连被处死的时候，查继佐、范骧和陆圻三个首告有功的人也被抓了起来。其中原因，大约是当时清廷在连续地对付江南士子的行动中，已经有点草木皆兵，连这三个有功之人也不放过。但是关于这几个人为什么后来在那么多人都因此而被处死或流放的情况下反而被赦免，历来的説法很多。
其中流传最广、影响最大的莫过于"吴六奇的营救".
这个吴六奇，据説是0年前潦倒的时候曾受过查继佐的接济。后来投奔了当时赫赫有名、权势冲天的平南王，成了他手下的广东提督。吴六奇借用平南王的权势，再加上自己的上下打点，很快就有命令叫这三人回浙江候审。没过多久，就有旨意説这三个人虽然没有吴之荣检举坚决，但是也是有功之人，不仅无罪释放，反而分得了朱、庄两家的一半财产。